Никак. Это "by design".
Надо аккуратно проверять, когда удаляешь :). Вообще то это наверное можно сделать. У шаблонов есть признак. ASP которая отражает - вызывает хранимую процедуру. Надо эту процедурку поправить, чтобы она фильтровала проекты (т.е. без шаблонов). Толь тогда удалять шаблон с сервера придется с помощью Query Analyzer'a :)
Vlad