Да, это вопросы управленческого учета.
И бухгалтер(финдир) совместно с руководителем фирмы должны определить основные принципы постановки этого учета.
На мой взгляд, в проекте скурпулезно, в разрезе задач, следует учитывать прямые (т.е. переменные) расходы, это и зарплата исполнителей проекта с учетом их повременного участия,и материальные ресурсы, связанные с объемом задачи, и стоимость разовых затрат, непосредственно относящихся к задаче. Расходы на руководителя проекта можно отнести, на пример, к задаче "Руководство проектом". В этом случае получаете Прямые расходы по проекту. Далее следует распределить общефирменные накладные (иначе постоянные)расходы между проектами, как правило пропорционально прямой зарплате исполнителей. Причем опять же важно по какому принципу у Вас выделяются центры финансового учета: проект, отдел, направление бизнеса, вся фирма.