Длительность задачи - одно, а трудозатраты - другое!
Если я правильно поняла, то Ваши задачи имеют фиксированную длительность. Объем же работы (трудоемкость) определяется руководителем субъективно, так? В таком случае, Вы должны указать в Projecte этот тип планирования задач Fixed Duration. Тогда при указании менеджером реальных трудозатрат, именно их стоимость и будет попадать в бюджет задачи (проекта), при этом длительность задачи останется прежней (если не изменять вручную). Исполнителям же сделайте пользовательское поле ресурсов "Длительность1", где они будут проставлять свое видение выполненного объема работы.