Иммено так и должно быть
При подключении ProjPro к серверу он первым делом (после проверки прав доступа) вытягивает (локальный кэш) global template. После этого любй новый или старый proj файл исапользует параметры (установки) из global template. Note: чтобы изменения вступили в силу необходимо выйти из ProjPro и запустить его снова (по вышеуказанной причине)